Il existe au niveau du District de Bamako et de chacun des cercles et communes du Mali un Conseil de l'Ordre.

Ces conseils administrent les Médecins exerçant dans ces localités et inscrits à l'une des trois sections de l'Ordre.

Les conseils de cercle et de commune assurent le respect des lois et règlement qui régissent l'Ordre et l'exercice de la profession.